功能性遗尿症的病因目前尚未明确，可能与以下因素有关：
(1)遗传因素：
遗尿症儿童常有家族史，约70%患儿的一级亲属中有遗尿的历史，可能与控制遗尿的神经机制成熟推迟有关。
(2)强烈的精神刺激：
各种精神的或躯体的严重问题均可造成强烈的不良刺激，如父母离异或死亡，与母亲突然分离，入托入所，搬迁，意外事故或生病住院等，均可使处在学习控制排尿的关键时期(3～4岁)的儿童这一功能受到破坏而造成遗尿(亲子网www.8e.org.cn)。
(3)心理障碍：
遗尿儿常有较多的行为和情绪问题，如情绪抑郁、多动症、抽动症、好发脾气、咬指甲等。
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