生理性肥胖这个概念是相对的，部分儿童期肥胖可过渡到成人肥胖，长时间持续的中重度肥胖可引起脂肪肝和心肺功能改变，甚至合并高血压和糖尿病，严重肥胖患儿出现肥胖通气不良综合征时偶可发生猝死，因此临床上对单纯性肥胖患儿应随访观察，必要时作一些相关检查，以便指导治疗。
儿童肥胖症还需要对继发性肥胖症进行鉴别诊断，如垂体及下丘脑病变引起的肥胖性生殖无能综合征，又称脑性肥胖症，表现为身材矮小，脂肪主要积聚腰部及下腹部，性发育迟缓，可伴眼底异常和尿崩症;肾上腺皮质增生或肿瘤引起的柯兴综合征( Cushing syndrome )，呈现身材矮、皮脂积聚呈向心性、满月脸、水牛背、四肢细，可伴性早熟、多毛、座疮、高血压、低血钾等;同时继发性肥胖症，常常伴有原发病的临床表现，可以此作为鉴别(孕妇网www.haodiyi.com整理)。
临床上对单纯肥胖症进行诊断，首先要除外某些内分泌、代谢、遗传、中枢神经系统疾病引起的继发性肥胖或因使用药物所诱发的肥胖。作为慢性疾病，对单纯肥胖症的诊断依然需要从病史、症状、体征、实验室检查等方面进行综合诊断。
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