接种肝炎疫苗不会引起其他肝炎发生，也不会被传染上其他疾病。乙肝疫苗在生产过程中有严格的质量标准，其中许多工序都能杀死血液中包括爱滋病病毒在内的病原微生物，经过临床观察是安全可靠的。值得提出的是，使用不合格产品如注射破损、变质疫苗，或注射过程不按无菌要求操作，共用注射器或针头，可染上肝炎或其他传染病。还有一部分人原来是隐性传染者，病毒呈低水平复制状态，“两对半”检查正常，需要用核糖核酸增殖法检出病毒(HBVDNA阳性)，这种人注射疫苗后不会有表面抗体形成。
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